Le montage d'abord. Dans un plat beurré, on superpose une première série de feuilles de filo, chacune badigeonnée de beurre clarifié au pinceau. Vient ensuite la couche de fruits secs concassés, étalée régulièrement, puis une seconde série de feuilles beurrées qui referme l'ensemble. Certaines recettes alternent plusieurs couches de garniture ; d'autres, pour les formes roulées, garnissent chaque feuille individuellement avant de l'enrouler.
La découpe ensuite, et c'est une particularité : elle se fait avant la cuisson, à cru, avec un couteau bien affûté qui traverse toutes les épaisseurs. Découper après cuisson briserait le feuilletage en mille éclats. Ce geste préalable détermine la forme des pièces (losanges, carrés, triangles) et permet au sirop, plus tard, de s'infiltrer par chaque incision.
La cuisson se mène au four, à chaleur modérée et sur un temps assez long, jusqu'à ce que la surface prenne une belle couleur dorée et que les couches inférieures soient cuites à cœur. Trop vive, elle brunirait le dessus en laissant le fond pâteux ; trop douce, elle dessécherait l'ensemble sans le dorer.
Le sirop enfin. Préparé à l'avance, il est versé sur la pâtisserie selon un principe de contraste thermique : sirop froid sur baklava chaude, ou l'inverse selon les écoles. Ce choc permet au sirop de pénétrer sans détremper la dernière feuille, qui reste croustillante. On laisse ensuite reposer plusieurs heures, idéalement jusqu'au lendemain : c'est pendant ce repos que la baklava trouve son équilibre définitif.